En los comienzos de la conquista los religiosos ejercían su actividad casi por cuenta propia y dependian de las autoridades eclesiásticas de la peninsula. Pero conforme fue transcurriendo el tiempo, el número de frailes aumentó considerablemente de tal manera que luego de fundada Lima se estableció un obispado (1541) que después en 1548, fue elevado a la categoría de arzobispado, en tiempos que se encontraba gobernando el pacificador don Pedro de la Gasca.Este arzobispado tenía bajo su mandato a todos los demás obispados que, por entonces, funcionaban en toda América del Sur y que eran el obispado del Cusco, Panamá, Popayán, Quito, Charcas y Paraguay. El primer arzobispo fue fray Gerónimo de Loayza hasta que en 1581 fue nombrado como arzobispo fray Toribio Alfonso de Mongrovejo quien es el verdadero organizador del sistema eclesiástico en el virreinato para cuyo efecto reunió en Lima a dos concilios provinciales.
De acuerdo a esto, la organización eclesiástica virreinal se dividía en arzobispados, obispados y curatos. Dentro de estos últimos se encontraban los curas doctrineros, párrocos y frailes de poblados y aldeas que por su influencia sobre el habitante aborígen, contribuyeron, eficazmente, en la difusión de la doctrina cristiana, así como en la administración colonial.