
Este arzobispado tenía bajo su mandato a todos los demás obispados que, por entonces, funcionaban en toda América del Sur y que eran el obispado del Cusco, Panamá, Popayán, Quito, Charcas y Paraguay. El primer arzobispo fue fray Gerónimo de Loayza hasta que en 1581 fue nombrado como arzobispo fray Toribio Alfonso de Mongrovejo quien es el verdadero organizador del sistema eclesiástico en el virreinato para cuyo efecto reunió en Lima a dos concilios provinciales.
De acuerdo a esto, la organización eclesiástica virreinal se dividía en arzobispados, obispados y curatos. Dentro de estos últimos se encontraban los curas doctrineros, párrocos y frailes de poblados y aldeas que por su influencia sobre el habitante aborígen, contribuyeron, eficazmente, en la difusión de la doctrina cristiana, así como en la administración colonial.