El Cuzco la ciudad y su ambiente geográfico, componen uno de los más extraordinarios escenarios de la historia. En sus contrastes sin paralelo, desde las elevadas y frías mesetas de los Andes hasta la frondosa espesura de las selvas amazónicas, se desarrollaron pueblos y civilizaciones de lo que solo sólo se tienen noticias por los testimonios diseminados por todo el Departamento, pero que siguen siendo uno de los más grandes enigmas de nuestra historia. El ropaje mitológico con que se han vestido los relatos indígenas transmitiéndose de generación en generación el recuerdo de sucesos ancestrales, así como la superposición y mezcla de elementos culturales han complicado tanto la arqueología que los hombres de estudio se encuentran aún ante misterios indescifrables.
Durante muchos años se ha aceptado el relato de Garcilaso de la Vega, según el cual antes de la llegada de Manco Cápac la región en que se encuentra la ciudad del Cuzco era una tierra sombría llena de pantanos entre los que habitaban tribus salvajes y de costumbres muy primitivas.
Pero en 1941 el arqueológo norteamericano Rowe hizo un importante descubrimiento en Chanapata poniendo en evidencia restos arqueológicos de tres definidos estilos preincaicos; recogió cerámica de color negro, parecida a la de algunas culturas costeñas, estimando en cerca de 3,000 años la antiguedad de las piezas que extrajo.
Existen también, aunque en forma poco definida aún, algunos vestigios que se atribuyen a Tiahuanaco, así como a la civilización de Huari.
No se ha encontrado ninguna tradición de la que se pueda sacar algo en claro acerca de cómo se inició la ciudad del Cuzco, si fueron pueblos locales los que le dieron vida y luego fueron despojados, o fueron emigrantes venidos del este.